インボイス7割控除は10月1日から、上限が10億円から1億円に下がります

免税事業者などインボイス発行事業者以外からの仕入れについて、消費税額の一定割合を控除できる経過措置があります。この割合が 2026年9月30日で8割から切り替わります。

問題は切り替わった先です。当初の予定だった5割ではなく7割になりました。令和8年度税制改正で変わっています。私も改正前の数字のまま覚えていたので、資料を見て一度手が止まりました。

そして同じ改正で1億円の控除限度額が新設されています。システム側の影響はこちらのほうが大きいと思います。

インボイスの経過措置は2026年10月から7割控除になる

国税庁の資料には、こう書かれています。

免税事業者など適格請求書発行事業者以外の者から行った課税仕入れにつき、その一定割合を控除できる経過措置について、適用期限を２年間延長した上で、以下のとおり控除可能割合が見直されました。

——国税庁「インボイス制度に関する令和８年度税制改正について」（令和８年４月・令和８年５月改訂／2026年8月26日閲覧）

改正前と改正後を並べるとこうなります。

負担が軽くなる方向の改正です。ただ、段が1つ増えて全部で4段になったことは押さえておく必要があります。80%と50%の2値だけを想定して作ったシステムは、この形に載りません。

1億円の控除限度額のほうが厄介です

同じ資料の2つ目のポイントです。

一の適格請求書発行事業者以外の者からの課税仕入れの額の合計額がその年又はその事業年度で１億円（改正前：10億円）を超える場合には、その超えた部分の課税仕入れについて、本経過措置の適用を認めないこととされました。

※ 控除限度額の見直しは、令和８年10月１日以後に開始する課税期間から適用されます。

読み取るべき条件が4つ入っています。

1. 「一の」＝取引先ごとに数える。全体の合計ではありません
2. 判定期間はその年またはその事業年度（個人は暦年、法人は事業年度）
3. 超えた部分だけが対象外。1億円を超えた瞬間に全額が使えなくなるわけではありません
4. 適用は令和8年10月1日以後に開始する課税期間から

10億円なら「うちには関係ない」で済みました。1億円だと、免税事業者の外注先を継続的に使っている会社は普通に当たります。1社あたり月800万円強の外注で超えます。

起点が2つあることを、そのまま設計に出す

ここが今回いちばん間違えやすいところだと思います。

上の資料では、「令和8年10月1日以後に開始する課税期間から」という注記が付いているのは控除限度額の見直しだけです。控除可能割合のほうは期間で区切った図が示されているだけで、この注記がありません。つまり素直に読めば、割合は取引日で切り替わり、1億円の判定は課税期間の開始日で切り替わることになります。

決算月ごとに整理するとこうなります。

3月決算の会社は、2026年10月から2027年3月末までの半年間、「7割控除だが1億円の上限はまだ無い」という状態になります。この半年をどちらかの仕様に丸めると、必ずどちらかの期がずれます。

私ならここは税理士に一度当てます。ただし「起点が2つある前提で設計しておく」ことだけは、確認を待たずにやっておく。1つに丸めた設計から2つに戻すほうが、はるかに高くつきます。

システムで直すのは3か所

自社開発の基幹システムや販売管理に税区分を持たせている場合、見るべきは次の3点です。

① 税区分マスタに「率」を直書きしない

KAZEI_80 のような区分コードを作って、控除割合80%をコード側の定数で持っているケースがあります。この作りだと、10月1日をまたぐ締めで必ず壊れます。9月21日〜10月20日締めのような請求サイクルだと、1枚の請求書の中に80%の明細と70%の明細が同居するからです。

持つべきは「区分×適用開始日×適用終了日×率」のテーブルです。取引日を渡すと率が返る形にしておけば、2028年・2030年・2031年の切り替えも設定変更で済みます。これから4回切り替わるものを、コードに埋めない。

② 取引先ごとの税込累計を持つ

1億円判定は「一の」＝取引先単位です。仕入先マスタに、課税期間内の税込累計額を積む場所が要ります。税抜で積んでいると判定を誤ります。

あわせて、その取引先が適格請求書発行事業者かどうかのフラグも要ります。登録番号を持っているだけでは足りません。期中に登録した／取り消した取引先があると、同じ取引先でも時期で扱いが変わるからです。ここも日付つきの履歴で持つのが安全です。

③ 超過部分だけを按分する

ちょうど1億円をまたぐ取引をどう扱うか（1件の中で按分するのか、その取引以降を丸ごと対象外にするのか）は、社内で決めて運用ルールに残してください。システムが黙って一方に倒すのがいちばん危ない状態です。

発注する前に確認する7つ

改修をベンダーに頼む場合、見積を取る前にこれだけ確認しておくと話が早いです。

1. 税区分マスタに率が入っているか、コードに埋まっているか
2. 締め日が月末以外の取引先が何社あるか（またぎが発生する数）
3. 仕入先マスタに登録事業者フラグと、その履歴があるか
4. 過去の課税仕入れを取引先×税込で集計できるか
5. 会計側と販売管理側のどちらで控除計算をしているか（二重に持っていないか）
6. パッケージ・クラウド会計を使っている部分は、提供元が対応を告知しているか
7. 電子帳簿保存の要件を満たしたまま改修できるか

3番と4番が無い場合、改修の大半はそこの新設になります。税率の切り替えより、累計を数えられるようにするほうが工数がかかります。 見積が思ったより高いときは、たいていこれが理由です。金額の目安を先に知りたい場合は無料のAI見積もりで概算を出せます。見積書を受け取ったあとの読み方は見積書の読み方にまとめてあります。

リサイクル・金属くずの買取は別の改正があります（9月1日から）

同じ資料に、もう1つ日付の早い改正が載っています。

盗難特定金属製物品の処分の防止等に関する法律（金属盗対策法）に規定する特定金属くずについて、古物商特例や再生資源等特例の対象から除いた上で、同法上の特定金属くず買受業の届出を行っている事業者が適格請求書発行事業者でない者から棚卸資産（消耗品を除く）として買い受ける特定金属くずについて、一定の事項が記載された帳簿のみの保存により仕入税額控除を認める特例の対象に加えることとされました。

※ 上記の改正は、令和８年９月１日以後に行う課税仕入れについて適用されます。

こちらは2026年9月1日からで、経過措置の10月1日より1か月早いです。古物商特例で回していた分が特定金属くずについては別ルートになるので、買取システムの帳簿記載事項を先に見直す必要があります。

なお個人事業者向けには令和9年分・令和10年分の3割特例も新設されました（現行の2割特例は令和8年9月30日までの日の属する課税期間で終了）。申告側の話なので、顧問税理士との確認事項です。

まとめ

税区分から率を追い出す。取引先ごとの税込累計を持つ。起点が2つあることを設計に出す。 この3つです。締め日が月末でない取引先を抱えている会社は、10月分の請求を組む前に手を付けたほうがいいと思います。

改修費用の相場感は業務システムの費用を機能別に分解した記事に、補助金を使えるかはデジタル化・AI導入補助金2026の5次締切の記事に書いています。

自社の改修がいくらになるか、先に測っておく

3か所と書きましたが、実際にいくらかかるかは既存システムの作りで変わります。 税区分をどこに持っているか、取引先マスタが分かれているか。ここは中を見ないと分かりません。

当たりだけ先に付けたい場合は、AI見積もりに「インボイスの経過措置に合わせて請求システムを直したい」と書いてみてください。約3分で概算が出て、一般的なSIerの相場と当社の金額が並びます。 無料で、しつこい営業の連絡はしていません。

改修のついでに業務そのものを見直したいなら、AI適合度診断のほうが先です。10問で自社の現在地が点数になります。連絡先の入力は要りません。

出典

• 国税庁「インボイス制度に関する令和８年度税制改正について」（令和８年４月／令和８年５月改訂）（2026年8月26日閲覧）
• 国税庁「令和８年度税制改正特集」（2026年8月26日閲覧）
• 国税庁「インボイス制度に関するQ&A 問115-2（３割特例の適用ができない課税期間）」（2026年8月26日閲覧）

税額の判定そのものは顧問税理士の領域です。この記事はシステム側で何を持つ必要があるかを整理したもので、個別の税務判断は税理士にご確認ください。